La Franche-Comté ayant été cédée à la France par la Paix de Nimègue, Louis XIV, s’appuyant sans doute sur la décision des commissaires réunis à Jonvelle en 1440, fit prendre possession de la terre de Saint Loup le 17 mai 1679. Sous un prince moins sage que le duc Léopold, ç’eut été encore une source de guerre sur la frontière. Mais ce digne souverain consentit par le traité du 25 août 1704, à la réunion de Saint Loup à la France.

Cependant, la mort de Charles II, Roi d’Espagne, amena de nouveaux orages. La plupart des souverains d’Europe, celui d’Allemagne surtout, s’opposaient à l’agrandissement de la Maison de France. Saint Loup fut de nouveau mis en état de défense. Louis XIV accorda un droit d’octroi pour l’entretien des retranchements, par lettres patentes qui donnèrent à ce bourg le titre de "ville". On y envoya différentes compagnies de troupe, avec un commandant, pour y faire le service. Mais elles s’acquittèrent de leur devoir avec tant de négligence que les hussards autrichiens vinrent, sans coup férir, enlever les chevaux du marquis de Coublans, baron de Saint Loup, dans les écuries du château, et se permirent des excès envers les habitants. Ceux-ci indignés de la mollesse de leurs hôtes, en obtinrent l’éloignement, et se mirent eux-mêmes sur la défensive avec une énergie telle que l’ennemi n’osa plus reparaître.

Après la guerre de Bohème, Saint Loup devint encore un quartier de cavalerie. Comme l’habitant était foulé sans qu’il en résultât aucun avantage pour la police, le duc de Randan, baron de Saint Loup, depuis maréchal de Lorges, obtint que la ville fût déchargée de ce fardeau, bien persuadé qu’au besoin, les citoyens défendraient leurs foyers et la frontière avec plus de courage que les troupes qui n’y avaient aucun intérêt. Ce fut au mois d’août 1741 que les dernières de ces troupes sortirent de Saint-Loup.