Saint Loup respirait à peine après les 15 pestes qui désolèrent le X° siècle et les calamités qui affligèrent le commencement du XI° siècle, au point que l’agriculture était interrompue et qu’on se nourrissait d’herbes sauvages et quelquefois de cadavres infects.

Saint-Loup ne put échapper également à la peste qui, dès l'an 1635, vint désoler le pays. A mesure que la maladie faisait des ravages, les habitants établirent, sur les hauteurs du Plain Chanois (près de Bouligney) où existent des sources salubres, un vaste enclos pour y transporter les malades. Ce lieu a conservé le nom de "pestiférés"…On trouve d'ailleurs encore actuellement des pierres portant l’année 1635, au bord de vastes entonnoirs. Pour apaiser la colère de Dieu, les habitants firent le voeu solennel de célébrer chaque année la fête de Saint Sébastien, avec procession. Cette solennité se pratique encore religieusement aujourd'hui.